هذا وقد اعتمدت إدارة الرعاية الصحية الأساسية على البرامج الوطنية للصحة كوسيلة للتحكم في الوضع الصحي، وقد عرفت هذه البرامج تزايدا مطردا وفق ما شهدته البلاد وما تشهده من تحولات وبائية وديموغرافية ومسايرة للإحتياجات المتزايدة للمواطن، وناهز عدد البرامج المسير من طرف إدارة الرعاية الصحية الأساسية حاليا الـ 20 برنامجا:
- الخارطة الصحية
- البرنامج الوطني لتدعيم وتركيز الدوائر الصحية والإستراتيجية الوطنية لضمان الجودة
- البرنامج الوطني لمكافحة التدخين
- البرنامج الوطني لسلامة الأم والوليد
- البرنامج الوطني للتلقيح
- الإستراتيجية الوطنية للحد من الإعاقة والوقاية منها
- البرنامج الوطني لمكافحة السيدا والأمراض المنقولة جنسيا
- البرنامج الوطني لمقاومة السل
- البرنامج الوطني لإستئصال الملاريا
- البرنامج الوطني للقضاء على البلهاريسيا
- البرنامج الوطني لمكافحة داء الكلب
- البرنامج الوطني لمكافحة الأمراض غير السارية
- البرنامج الوطني لصحة البصر
- البرنامج الوطني لمكافحة السرطان
- البرنامج الوطني للصحة العقلية
- البرنامج الوطني لصحة المسنين
- مكافحة الأمراض الإجتماعية
- االبرنامج الوطني لمكافحة مرض القرع
- لبرنامج الوطني لمكافحة اللشمانيا
- البرنامج الوطني لمكافحة لدغة العقرب
- المراقبة الوبائية
- التثقيف الصحي
- وحدة الصيدلة